Ursprünglich gehörte die Holzburg den böhmischen Herrschern. Jahrhunderts wurde sie von König Přemysl Otakar I. im gotischen Stil aus Stein umgebaut. Johann von Luxemburg verkaufte die Wasserburg an das Adelsgeschlecht der Zajiců von Hazmburk. Unter ihrer Herrschaft erlebte die Burg Budyně und die ganze Herrschaft die größte Entwicklung. Im Jahre 1946 ging das Wasserschloss in den Besitz der Stadt Budyně nad Ohří über und wurde 1975 in seiner heutigen Form rekonstruiert. In den 1990er Jahren wurde mit der Rekonstruktion der Umfassungsmauern begonnen. In den 20er Jahren des letzten Jahrhunderts wurde in den Räumlichkeiten des Schlosses das Janda-Museum eingerichtet, das vor allem aus Schenkungen von Reisenden und privaten Sammlungen der Einwohner der Region Budyně entstand. Eine besondere Aufmerksamkeit verdient das ausgestopfte Krokodil, das Zajíc von Hazmburk Anfang des 16. Jahrhunderts aus Ägypten mitbrachte. Die Besucher können auch eine Sammlung seltener Bücher aus den Bibliotheken der Adelsfamilien bewundern. Erwähnenswert ist auch die Gründungsurkunde der Stadt Budyně nad Ohří aus dem 13. Im Jahre 1997 wurde nach einer Rekonstruktion das Janda-Museum im Wasserschloss in Budyně nad Ohří eröffnet. Während der Besichtigung des Museums können die Besucher auch an einer Führung durch die Innenräume des Schlosses teilnehmen.