Ursprünglich gehörte die Holzburg den böhmischen Herrschern. Zu Beginn des 13. Jahrhunderts wurde sie von König Přemysl Otakar I. aus Stein im gotischen Stil umgebaut. Johann von Luxemburg verkaufte die Wasserburg Budyně an die Adelsfamilie Zajiců von Hazmburk. Unter ihrer Herrschaft erlebten das Schloss Budyně und die gesamte Herrschaft die größte Entwicklung. Im Jahr 1946 ging das Wasserschloss in den Besitz der Stadt Budyně nad Ohří über und wurde 1975 in seiner heutigen Form rekonstruiert. In den 1990er Jahren wurde mit der Rekonstruktion der umgebenden Mauern begonnen.

In den 20er Jahren des vergangenen Jahrhunderts wurde in den Räumlichkeiten des Schlosses das Janda-Museum eingerichtet, das hauptsächlich aus den Spenden von Reisenden und privaten Sammlungen der Bewohner der Region Budyně entstand. Das ausgestopfte Krokodil, das zu Beginn des 16. Jahrhunderts von der Reise des Herrn Zajíc von Hazmburk aus Ägypten mitgebracht wurde, verdient sicherlich einige Aufmerksamkeit. Die Besucher können auch eine Sammlung seltener Bücher bewundern, die aus der Bibliothek adliger Familien stammen. Erwähnenswert ist auch die Gründungsurkunde der Stadt Budyně nad Ohří, die aus dem 13. Jahrhundert stammt. Im Jahr 1997 wurde nach einem Umbau das Janda-Museum im Wasserschloss in Budyně nad Ohří eröffnet. Während der Museumsbesichtigung können die Besucher auch an einer Führung durch die Innenräume des Schlosses teilnehmen.