Původně dřevěný hrad byl majetkem českých panovníků. Počátkem 13. století jej přestavěl král Přemysl Otakar I. z kamene v gotickém slohu. Jan Lucemburský prodal budyňský Vodní hrad Zajícům z Hazmburka. Za jejich vlády na Budyni doznal hrad i celé panství největšího rozvoje. Roku 1946 se stal Vodní hrad majetkem města Budyně nad Ohří a do současné podoby byl rekonstruován od roku 1975 a rekonstrukce okolních hradeb byla zahájena v devadesátých letech 20. století.

Ve dvacátých letech 20. stol. bylo založeno v prostorách hradu Jandovo muzeum, které bylo postaveno hlavně z darů cestovatelů a soukromých sbírek obyvatel žijících v okolí Budyně. Pozornost si zcela jistě zaslouží vycpanina krokodýla, který byl dovezen na počátku 16. stol. z Egypta z cesty pana Zajíce z Hazmburka. Dále mohli návštěvníci obdivovat sbírku vzácných knih, které zůstaly z knihovny šlechtických rodů. Za zmínku také stojí zakládací listina města Budyně nad Ohří datovaná do 13. stol. V roce 1997 bylo po rekonstrukci otevřeno Jandovo muzeum, které je umístěno ve Vodním hradě v Budyni nad Ohří. Při prohlídce muzea absolvují návštěvníci i prohlídkovou trasu interiérů hradu.