Muzeum sídlí v budově bývalé městské radnice ze 16. století. Jde o první renesanční stavbu v měšťanském prostředí v severních Čechách. Sbírky muzea reprezentují historii regionu od nejstarších dob až po 20. stol. Budova prochází rekonstrukcí a expozici je v současné době uzavřena. K muzeu rovněž patří Památník Karla Hynka Máchy v Litoměřicích, který je umístěn v domě Na Vikárce ve světničce, kde Karel Hynek Mácha bydlel, a také 6.11.1836 zemřel (dům se nachází v ulici Máchova 177/5 - prohlídku je nutné si vyžádat v pokladně ve správní budově litoměřického muzea nebo na tel. +420 775 868 539).