Muzeum je umístěno v bývalém loveckém zámečku Thun-Hohensteinů v malém parčíku s nádherným exemplářem stromu Gingo biloba. Bohaté sbírky muzea jsou prezentovány v několika expozicích, přírodovědné - Ptactvo Děčínska, Vývoj lodní dopravy na Labi, Město na louce, která mapuje výsledky výzkumů počátků města Děčína, Gotická plastika na Děčínsku - prezentuje jedinečný soubor gotických soch. Expozice Procházka starým Děčínem seznamuje návštěvníky s významnými místy města, dále dlouhodobá výstava fotografií Děčín - proměny města, na vnitřním nádvoří muzea mohou návštěvníci zhlédnout lapidárium a příjemné arboretum.